罗兰在升格者内部加百列的叛乱事件中重伤，被代号慈悲者所救，重塑机体。

    突击鹰小队的万事出任务和首席深探红潮寻找塞壬，定点打击后，镶嵌聚噬体核心碎片的赛琳娜被慈悲者所救，流浪于地球之上。

    地下水到清剿任务中，突击鹰小队长库洛姆带领队员神威卡穆探寻地下水道，遭遇代行者冯.内古特孕育的母体。

    母体孕育的帕弥什生物诞生，代号双子，帕弥什对人类的反攻战打响，地球多区域沦陷，过滤塔沦为帕弥什生产散播病毒的巢穴。

    随后机体“极昼”诞生，其中装载的武器可吸收消化帕弥什病毒，人类对帕弥什反攻的希望似乎诞生。

    机械智慧生命体七实使用机械先哲推理未来，拜托慈悲者保住丽芙，提前唤醒指挥官，随后带领机械生命体飞往太空，在宇宙中遨游。

    ［下面是私设了，世界线变动］

    常年内耗，人类损失惨重，高层议会举行公投投票表决赞同暂时撤离地球。突击鹰小队作为锚点盘踞地球上空作为人类连接母星的观察眼。大逃离中灰鸦小队与三头犬小队，清理部队和工程部队跟随人类离开。在首席的交涉下，遗忘者领袖渡边与空中花园达成协议，携程员暂时撤至地球上空，作为人类驻扎地球上最后的希望火种。随后首席行踪不明。

    大灭绝时期，帕弥什占据地球。“永东”降临，人类通过观察眼得知突击鹰小队长库洛姆确认感染帕弥什，被神威处决死亡，队长移交至万事，随后卡穆在同时期的地球侦探任务中潜逃。

    迎春期到来，罗兰开始频繁活跃，渡边和遗忘者们重返地球，重建绿洲。

    故事就发生在大灭绝时期末。